INDIANA JONES JA KADONNUT ATLANTIS: KÄTKETYT OMINAISUUDET (EASTER EGGS): E.T Elokuvaan viittaus. Palattuasi takaisin Barnettin yliopistolle etsimään Platon Kadonnutta Dialogia, mene pääsaliin (ei siis Indyn toimistolle) ja katso ilmoitustaulua jossa pitäisi olla sininen paperi. Katso sinistä paperia. Jos löysit oikeat, Indy lukee siitä tekstin: "Edward Teller, Phone Home." SALAISUUDET: Vaihtoehtoinen (huono) loppu: Atlantiksella, kun olet vapauttanut Sophian vankilasta, mutta kun hän joutuu riivatuksi, älä pelasta häntä. Kun läpäiset pelin, saat hieman erilaisen lopun joka on jonkinverran pelottavakin. Tämän takia on suositeltavaa tallentaa pelitilanne Sophian riivatuksi joutumisen hetkellä jos myöhemmin haluat pelastaa Sophian ja pelata pelin läpi hänen kanssaan. Lahjuksen antaja: Jos ennen aavikolle lähtöä joudut legioonalaisen tai natsin kiinniottamaksi, niin anna heille mustaa lintua esittävä patsas ja he päästävät sinut jatkamaan matkaasi. Kriittinen osuma: Listiäksesi nopeiten vihollisia pelin aikana, paina Insert-näppäintä tappelun alettua ja vihollinen tuupertuu kertalaakista maahan. Kuolemantuottaja (Sophian listijä): Tavatessasi Sophian vankilassa, älä vapauta häntä sellistä jolloin hän menehtyy myöhemmin. Tilastotietoutta: Kun inventaarioruutusi on saatavilla, paina kirjainta T. Ruutu muuttuu tilasto- näkymään jossa on: Pisteesi, reitinvalintasi, yhdistelmäpisteitä ja muita pelitallennuksia. Paina uudestaan T-kirjainta, niin peli jatkuu. Vaihtoehtoinen rapusyötti: